В дополнении к американскому сериалу, в 1996 году было создано две эксклюзивные японские серии аниме под названием Mutant Turtles: Chōjin Densetsu Hen (яп. ミュータント・タートルズ超人伝説偏?). Аниме было сделано в том же стиле, что и сериал 1987.
Первая серия была одновременно и рекламой игрушек «TMNT Supermutants». Черепашки были представлены, как супергерои в особых костюмах и с сверх силами, питаемыми из «Мута-Камней», а Шреддер, Бибоп и Рокстеди имели супер-злодейские силы благодаря «тёмным Мута-Камням».
Вторая серия была создана для рекламы игрушек «Metal Mutants» и представляла персонажей, одетых в особую мистическую металлическую броню, которая позволяла им превращаться в монстров.