скорее Сая превратит его в груду мяса, возможно съест

Ты новеллу то перечитай. Она могла изменить структуру существа (превратить в груду кишок и мяса) и восприятие этого мира (хорошее видеть как плохое и наоборот). Ну, возможно, стереть память (так и не ясно, почему подруга парня потеряла рассудок). Причем на это требовалось время. Не самый крутой гипноз, если задуматься.

Она - пришелец, чьей "рабочей программой" является обращение людей в себе подобных, а также продолжение рода, так? А чтобы выглядеть как человек она использует контроль разума, хотя она болье похожа на клубок черных щупалец.

ты, видимо, даже до первого выбора не дошел.Вспомни соседа Фуминори. После её манипуляций он убил свою жену и дочь и изнасиловал Саю. Время на изменение сознания много не потребовалось.А ведь это еще не все известные способности Саи.

Мысль правильная,только её видит такой,как на картинке(разве что глаза зеленые) только Фуминори из-за его травмы, а остальные видят её как монстра

Почему вы все загоняете в спойлер?:D

А теперь вчитываемся и вдумываемся. Сая лишь изменила восприятие мира, а не "желание убивать и насиловать". По сути она проделала с ним тоже, что и с Фуминори. Просто для соседа это было "внезапно!", а Фуминори постепенно приходил в себя в больнице и у него было время прийти в себя и не слететь с катушек. Вот поэтому, когда мужик (сосед, не помню его имени) пришел в себя после "операции" и увидел свою жену и дочь "по другому", он ничего не понял и решил, что это обратно вернулась Сая (он же вначале увидел её как чудовище), вот и убил их. А изнасиловал Саю, лишь потому, что автор решил добавить ещё больше жестокости (оригинально, блин =\ ).

в новелле Сая рассказала, что может менять ход процессов в мозгу.То, что произошло с Сузуми Юуске(соседом), всего лишь следствие отсутствия опыта.

Инкубатор от пуль уворачивался(первая серия). Это - раз. Он телепат, значит его сознание на порядок(как минимум) сложнее человеческого. Это - два. Способен исполнить любое желание(вспоминаем последнюю серию, где он тупо сделал Мадоку Богиней. Это - три.

Сайя Кьюбея просто не догонит. Вспоминаем, как в одном из финалов её забили монтировкой( или топором... уже не помню). Неповоротливая она, короче. Это - раз. Она способна изменить восприятие человека. Инкубатора же, как существо на много более сложное, ей вряд ли изменить по силам. Это - два. А по скольку она не является человеком, то и строить относительно неё какие либо планы QB не будет. Выпилит из мироздания по тихому и всё... Это - три.

Забили её после того,как всадили несколько пуль с жидким азотом чем там еще,это раз.Перемещается в пространстве как чужой(на Оюми напала с потолка),регенерирует же быстрее,это два.QB,конечно,превосходит Саю по огневой мощи,но выносливость у него низкая,а заставить себя покинуть свое тело он не может.

При этом Кьюбей может быть убит 13-летней девочкой, стоит лишь застать его врасплох. Да и от пуль он особо не уворачивался - скорее это Хомура неслабо косит (она же очкарка, не забываем об этом).
А желания Инкубы могут исполнять только если они загаданы. В этом они чем-то напоминают джиннов. Если было бы по иному - Инкубы уже давно перепилили вселенную по-своему и не нужны были бы им никакие люди.
Сознание сложнее человеческого - это сложный вопрос, на самом деле. Считается что человек использует чуть менее 10 процентов своего мозга, а в тех самых нераскрытых 90 процентах и лежат всякие супермагические способности, в том числе включающие и телепатию. Также, для перестройки сознания/восприятия достаточно лишь "обмануть" органы чувств, которые, если верить сериалу, у Кьюбея не намного совершеннее человеческих.

Сая тогда не смогла перемещаться быстро потому, что её обработали жидким азотом, к слову говоря единственной слабостью её тела, т.к. тело у неё очень эластичное ( в доме того соседа она с лёгкостью поместилась в щель между полом и диваном, да и в записях доктора Оюгая это отмечено )